FuE-Kooperationsprojekte müssen in einer ausgewogenen Partnerschaft durchgeführt werden. Grundsätzlich dürfen auf die Forschungseinrichtungen insgesamt nicht mehr als 50 % der zuwendungsfähigen Personenmonate aller Partner entfallen. Bei bilateralen Kooperationsprojekten dürfen auf ein Unternehmen nicht mehr als 70 % und bei Projekten mit mehr als zwei Partnern auf ein Unternehmen nicht mehr als 50 % der Personenmonate entfallen. Bei Kooperationsprojekten mit nur einem Unternehmen und mehr als einer Forschungseinrichtung gilt die 50 %-Grenze für das Unternehmen nicht, sondern auf das Unternehmen dürfen wie bei bilateralen Projekten bis zu 70 % entfallen.